El término municipal de Casas de Juan Núñez es básicamente llano, con elevaciones al sur, debido a la presencia de la Cordillera de Montearagón. Está atravesado por varias cañadas o ramblas que van de la sierra al valle del Júcar, entre las que destaca la de Los Villares, que discurre junto al municipio, y la del Cañahorro, al noroeste.
La economía local tradicional se ha basado en la agricultura (cebada, trigo, alfalfa, olivo, vid y almendra) y la ganadería (ovina, caprina y porcina), aunque desde las últimas décadas del siglo XX las labores tradicionales se han ido modernizando, y se han complementando con la creación de pequeñas empresas dedicadas al sector de los transportes, la construcción, la explotación de canteras y otros servicios.
Los primeros habitantes de los que se tiene constancia en estas tierras fueron los íberos. En el término municipal, en el paraje conocido como La Losa, se encontró la figura de un caballo enjaezado del siglo V a.C. que hoy se puede ver en el Museo Provincial de Albacete.
Las primeras noticias de los lugares pertenecientes a los que hoy es el término municipal de Casas de Juan Núñez, hacen referencia a un documento Real del 27 de mayo de 1655, donde se le concede a la Villa de Jorquera el poder de explotar la Dehesa del Cañadorro, que entonces abarcaba desde el río Júcar hasta el paraje del Navazo y por tanto incluía el sitio donde estaba ubicada la aldea de Casas de Juan Núñez.
En esta época, este pueblo era solo una aldea que pertenecía al Estado y Villa de Jorquera, constituida ésta en una de las plazas más fuertes del marquesado de Villena.
El cambio en la propiedad de manos de la nobleza a manos de familias pudientes, provocó que muchas extensiones de terreno fueran compradas. El nombre del topónimo “Juan Núñez” quizá se deba aun mayorazgo de esta familia cuyo linaje estaba establecido en la Ciudad de Chinchilla.
Durante el inicio del siglo XVIII Casas de Juan Núñez es considerado como un gran productor de trigo y por tanto, aunque no tenía Ayuntamiento propio, como lo tenían otras nueves villas pertenecientes al Corregimiento de Jorquera, si constituía un sitio importante por su potencial económico-agrario.
En todo el Siglo XVIII, Casas de Juan Núñez siguió siendo una aldea muy importante del Estado de Jorquera, y hasta el principio del Siglo XIX no se constituiría como Ayuntamiento propio.
El 23 de Mayo de 1812, un decreto real permite a los pueblos de más de 1000 almas segregarse de los sitios de los que dependían y, aunque Casas de Juan Núñez no tenía dicha población, si disponía de riqueza territorial suficiente como para constituirse como Ayuntamiento propio.
En Diciembre de 1813 se practica el expediente instructivo en Casas de Juan Núñez sobre el señalamiento del término jurisdiccional por el Comisionado del Intendente.
Más tarde, en el 1815, con el reinado absolutista de Fernando VII, se suprimirían muchas Alcaldías, y entre ellas la de Casas de Juan Núñez, pasando de nuevo a pertenecer al Ayuntamiento y jurisdicción de la villa de Jorquera.
En 1836 se vuelve a constituir un Ayuntamiento propio por Real Decreto.
Casas de Juan Núñez estaba inicialmente constituida por dos barrios: Cuevas Nuevas y Puertollano, mientras se producía un aumento de su población, que se mantuvo hasta después de la Guerra Civil. En los años 50, el municipio alcanza su tasa poblacional más alta, pero se verá frenada en la década de los 60 y 70 por la emigración hacia las provincias de Levante y a las ciudades mayores del país.